Прослужил он в таком виде недолго. По прошению обер-коменданта генерал-майора Семена Гурьева и с благословения преосвященного Никифора архиепископа Смоленского и Херсонского в 1782г. приступили к сооружению новой церкви из толстого соснового леса, строительство которой завершилось в 1784г. В 1796 году храм получил статус собора, однако в 1822 году утратил его (центральным стал храм Рождества Пресвятой Богородицы на Старом базаре – Центральном рынке в настоящее время), тогда же он стал именоваться Старопокровским храмом.

Этот храм был очень небольших размеров и предназначался лишь для военного сословия, населявшего крепость. Вплоть до 1869г. церковь не имела у себя никакого прихода и за этот период пережила много превратностей; только в 1869г. у нее образовался приход, и вместо военных церковнослужителей назначен был в Покровскую церковь отец Ф.С.Руднев. В 1884г. торжественно отпраздновали столетие храма.

В ноябре 1895 года Покровский храм сильно пострадал от пожара. Это стало толчком для того, чтобы начать строительство каменного здания. Работы продлились вплоть до 1909 года. В нём было три придела, главный во имя Покрова Пресвятой Богородицы, южный во имя св. Дмитрия Ростовского и северный во имя великомученника Георгия Победоносца. Церковь была построена в неорусском стиле на средства купцов Г. и С. Пустовойтовых по проекту архитектора Н.Г.Васильева, который и руководил ходом строительства.